本着协同、高效、开放、创新的原则，研究中心实行学校领导下的主任负责制，不断推进运行管理机制和激励机制的完善。
１、组织管理：协同高效
建立由国内外光电功能材料与应用研发领域知名专家组成的技术指导委员会，充分发挥委员会在年度计划制定、项目遴选、评价验收等方面的作用；设立创新团队首席专家，发挥首席专家在组织中的统筹协调作用；赋予项目负责人在组织中的自主权，提高研究中心的运行管理效率；建立包括研究中心章程、人员聘任、项目管理、业绩考核、收益分配、产学研用合作等管理制度体系，为研究中心的高效运行提供制度保障。
２、人才吸引：任务牵引
利用工程研究中心开放课题和先进科研手段，开展高水平的学术交流和科研合作。邀请国内外知名学者到研究中心进行学术交流，派送学术骨干到国内外科研机构开展科学研究。实行固定与流动相结合，在每个研究方向上聘任相对稳定的骨干人员，实行以任务为牵引的流动人员聘用方式。制定人才流动引导性鼓励政策，促进人才根据任务需要自由流动。通过构建自由开放、鼓励创新的学术氛围，营造有利于科技人才创新的宽松环境。
３、创新合作：开放柔性
以解决重大需求关键技术问题为导向，根据科研任务需要聘任人员，组建项目组，打破学科壁垒，打破高校、企业间的组织壁垒，发挥研究中心的人才、学科和资源优势，充分释放各类创新要素的活力，建立开放的柔性无边界创新合作机制，使资源能按照科研创新内在规律的要求实现无障碍自由流动，形成可持续发展、充满活力和有一定特色的创新合作模式。
4、激励机制：应用导向
以创新质量和应用成效为导向，改变目前重理论轻应用、重研究轻转化、重数量轻质量的科研价值取向，建立更加注重解决产业发展关键技术问题与成果转化的绩效评价机制；实行个人评价与项目组整体评价相结合，更注重项目组团队整体目标任务完成情况评价，在科研任务考核、职称评聘、评优奖励上给予项目组团队内部统筹协调的自主权。
5、资金投入：多元筹措
依托单位淮阴工学院把对研究中心的经费投入纳入年度经费预算，参与单位以项目合作方式对研究中心投入，形成高校与企业的多元投入机制。在解决引领产业发展的重大研发项目上，引入风险投资机制。研究中心大型仪器设备实施对外共享服务，建立专门的收费制度，实行统一收费管理。所收费用按规定用于设备日常维护和新设备的引进。
6、创新成果：收益共享
创新成果由参与各方共有，建立成果转化激励和风险共担机制，创新成果收益按照创新成果形成和转化链条各环节贡献大小，在考核基础上按比例进行分配，以相对公平的成果收益分配链条紧密联接参与协同创新的各方力量。着眼于长远发展考虑，当研究中心发展壮大、研究成果产出经济效益较多时，将尝试实行股份制收益分配方式，创新要素相关的技术、资金、平台、成果、知识产权等均可折算成股份参加分配，从而建立研究中心可持续发展的长效机制。
